Keelekümbluskeskus töötab Eesti Haridus- ja Teadusministeeriumi ning alates 1. jaanuarist 2013 Sihtasutuse Innove järelevalve all. Keskus tegutseb programmi strateegiast tuleneva tegevuskava alusel ning annab programmi rakendamisest aru oma juhtkomiteele.

Keelekümblusprogrammi juhtkomitee eesmärk on tagada keelekümblusprogrammi lasteaedade ja koolide varase ning hilise keelekümbluse tegevuste vastavus haridus-, keele- ja integratsioonipoliitikale. Juhtkomitee liikmed tunnevad valdkonda ning neil on programmi eesmärkide täitumise osas selge huvi.

Juhtkomitee ülesanne on osaleda keelekümblusprogrammi puudutavate strateegiliste kavade koostamisel ning need heaks kiita, hinnata keelekümblusprogrammi tegevuskavast kinnipidamist keelekümbluskeskuse töötajate poolt ning vajadusel teha ettepanekuid tegevuskava muutmiseks. Juhtkomitee annab soovitusi ja teeb ettepanekuid sihtasutusele Innove ja Haridus- ja Teadusministeeriumile keelekümblusprogrammi edukaks rakendamiseks. Juhtkomitee tuleb kokku vähemalt kolm korda aastas.

Juhtkomitee koosseisu kuuluvad Haridus- ja Teadusministeeriumi, programmiga liitunud haridusasutuste, keelekümblusprogrammi lastevanemate liidu, Ida-Viru maavalitsuse, kohalike omavalitsuste ning kõrgkoolide esindajad. Juhtkomitee koosseis määratakse kindlaks ministeeriumi üld- ja kutsehariduse asekantsleri ja sihtasutuse juhatuse läbirääkimistel. Juhtkomitee eesistuja on Haridus- ja Teadusministeeriumi esindaja.

Sihtasutus Innove vastutab keelekümbluskeskuse finantsjuhtimise eest, annab keelekümbluskeskusele vajaliku juriidilise raamistiku ning allkirjastab kokkulepped.